NOTA: La historia se desarrolla después de los sucesos de Metroid Prime 3.
Meses después de jugar a de derrotar a su alter ego oscuro por última vez,Samus acude a investigar una misteriosa llamada de socorro localizada en una base de la Federación abandonada,proveniente de alguien llamado Rodney Aran...el padre de Samus,tomado por muerto hace años durante el ataque Pirata a la colonia K-2L,hogar de Samus cuando era una niña.Sin pensárselo dos veces,Samus subió a su nave,en busca del origen de la llamada.
Dos meses después,la Federación no da a basto para repeler los ataques de los Piratas Espaciales,extrañamente resurgidos de la nada.A esto,no ayuda la misteriosa desaparición de la cazarrecompensas Samus Aran,desaparecida sin dejar rastro.Para suplir su falta,la Federación ha empezado a contratar a cada vez más nuevos cazarrecompensas y soldados.Los Piratas,por su parte,tratan de combatir a la Federación de la misma forma.Nuevas leyendas que se forman a cada instante.El destino de los Piratas Espaciales y de la Federación Galáctica está en juego.
Y mientras tanto,otro peligro acecha a ambos bandos,esperando entre las sombras.